会社によって業務の進め方は異なります。ピッタリなシステムを希望される場合は、カスタマイズをすることをお勧めします。しかし、カスタマイズ費用は、仕様や契約によって大きく変わってきます。一般的にシンプルなシステムはカスタマイズしやすく多機能なシステムはカスタマイズしにくい傾向があります。また、カスタマイズした後の機能を他のユーザーにも供給することを許諾することで大きくコストダウンができる場合もあります。カスタマイズは契約形態を含めての交渉が重要です。
ECショップ一元管理システムを導入する目的は様々ですが、最終的には売上アップがアウトプットとなります。 ショップの売上はシステムを導入するだけでは、アップしません。逆に大幅にダウンする危険性すらあります。人気モールでは競合他社が多く存在するためモールでの上位ランキングや好意的な商品レビュー（口コミ）の獲得には日頃苦労されている事と思います。一元管理システムの中には今まで使っていた商品コードの変更が必要なシステムもあります。商品コードを変更することで出店モールでは別の商品と認識され、ランキングや商品レビューも振り出しに戻ってしまうことがあります。
ECショップ一元管理システムは工数削減が期待できるシステムですが、システム導入時には通常の業務にプラスして導入作業が発生します。特に工数削減を目的にシステム導入を検討している場合は導入作業をする要員を確保できず、なかなか切替が完了できないケースがよくあります。システム検討時には、システムメーカーからの導入支援を受けられるのかどうかもあらかじめ確認が必要です。
